آمریکا بهترین مامور خود، باس را، در تلاش برای یافتن میراث فلاسفه به روسیه می‌فرستد.

FOX مامور مخفی خود، نیکد اسنیک را، با سعی در پیدا کردن و بازگردانی سکالوف، و نابودی شگهود به روسیه اعزام می‌کند. ماموریتی که عملیات مقدس نام می‌گیرد. در سراسر ماموریت، نیکد اسنیک از طریق تماس رادیویی با دیگر اعضای FOX پشتیبانی می‌شود: سرگرد زیرو، سیگینت و پارا مدیک.

نیکد اسنیک در حالی که به پایان ماموریت خود نزدیک است، توسط استادش، باس، شکست می‌خورد. به نظر می‌رسد که باس به روسیه پیوسته و به یک خیانت‌کار برای آمریکا بدل شده.

روسیه از بعد نظامی به واسطه جی‌آریو، نیروی نظامی آنها، معنا می‌یابد. گروهی شورشی از جی‌آریو، به سرکردگی سرهنگ ولگین، قصد دارد تا به مخالفت با رهبر شوروی، نیکیتا خروشچف، بپردازد.

باس یک کلاهک هسته‌ای آمریکایی را در اختیار روسیه قرار می‌دهد، سلاحی که توسط سرهنگ ولگین به منظور تخریب یک مرکز تحقیقاتی روسی مورد استفاده قرار می‌گیرد. بدین ترتیب، اینگونه به نظر می‌رسد که آمریکا روسیه را مورد حمله قرار داده، اقدامی به شدت زیرکانه که توسط روسیه برنامه‌ریزی شده.

خروشچف، رئیس جمهور روسیه، از آمریکا می‌خواهد تا عدم نقش خود را در حمله هسته‌ای برپاشده توسط باس و ولگین به اثبات برساند. از این رو، آن‌ها تصمیم می‌گیرند تا نیکد اسنیک را با هدف تحقق درخواست خروشچف باری دیگر به روسیه بفرستند: به قتل رساندن باس، مربی شخصی نیکد اسنیک، و سرهنگ ولگین. ماموریت مارخور آغاز می‌یابد.

کا‌گ‌ب واحد FOX را با دو مامور آژانس امنیت ملی آمریکا که در سال 1960 به روسیه پیوسته بودند، در تماس قرار می‌دهد: آدام و ایوا. آدام بعدها به نیکد اسنیک در کسب برخی اطلاعات کمک کرده و سرانجام فرار می‌کند.

در محل قرار اما، تنها ایوا حضور می‌یابد و می‌گوید که به جای آدام فرستاده شده. نیکد اسنیک و ایوا توسط یک واحد نظامی، به رهبری آسلات، مورد حمله قرار می‌گیرند. آسلات، ایوا را گروگان می‌گیرد، اما در نهایت شکست خورده و مجاب به کناره‌گیری می‌شود.

نیکد اسنیک و ایوا پی می‌برند که میراث فلاسفه در اختیار ولگین قرار دارد.

نیکد اسنیک در ماموریتش برای یافتن شگهود، با تمامی اعضای واحد کبرا، به جز باس، مواجه شده و آن‌ها را شکست می‌دهد: پِین، فیوری، اِند، فیِر و سارو. طی یک بازجویی که توسط ولگین، باس و آسلات در حال انجام است، نیکد اسنیک مورد اصابت گلوله قرار گرفته و یکی از چشم‌های خود را از دست می‌دهد.

نیکد اسنیک، شگهود را از بین برده و سرهنگ ولگین را شکست می‌دهد.

با این حال، چیزی که نیکد اسنیک نمی‌داند آن است که ایوا در حقیقت جاسوسی از دولت چین به شمار می‌رود (تا یادآور شود که چین نیز خواستار دستیابی به میراث فلاسفه است). ایوا در نهایت موفق به دریافت میکروفیلم می‌شود، اما بعدها مشخص می‌گردد که آن میکروفیلم، تقلبی بوده. میکروفیلم اصلی را اما، آسلات بدست می‌آورد، ماموری سه‌جانبه که برای فلاسفه فعالیت می‌کند. آسلات در حیقیقت همان آدام بود، اما هیچکس در این باره چیزی نمی‌دانست.

آسلات این میراث را در اختیار آمریکا می‌گذارد، اما تنها نیمی از آن بازیابی می‌شود. فرض بر این است که نیمه دیگر آن در اختیار کا‌گ‌ب قرار دارد.

نیکد اسنیک درمی‌یابد که باس آمریکا را ترک نکرده بود، بلکه در تمام مدت به پیروی از دستوراتش می‌پرداخت. از طرف دولت به وی دستور داده شد تا به واسطه دادن کلاهک هسته‌ای به ولگین، اعتماد او را بدست بیاورد، و هدف او - البته - دستیابی به میراث فلاسفه بود. چیزی که آن‌ها انتظار نداشتند اما، آن بود که ولگین کلاهک هسته‌ای را با مورد هدف قرار دادن مرکز تحقیقاتی روسیه به کار بگیرد تا آمریکا را در معرض اتهام قرار دهد. در این حین بود که آمریکا ماموریت باس را اصلاح کرد. بدین ترتیب وی مجبور شد نقش بازی کند و منتظر بماند تا توسط نیکد اسنیک، به منظور جلوگیری از متهم شدن آمریکا، کشته شود. او قهرمان کشورش بود، اما همیشه به عنوان یک خیانت‌کار از او یاد می‌شود.

آمریکا لقب جدید بیگ باس را به نیکد اسنیک اعطا می‌کند.

آسلات از طریق تماس تلفنی با رئیس کا‌گ‌ب صحبت کرده و درباره نقش نیکیتا خروشچف به گفتگو می‌پردازد. خروشچف به زودی از مقام خود برکنار می‌شود.

سالید اسنیک و آتاکان بتدریج مطلع می‌شوند که متال گیر جدیدی، به نام متال گیر ری، بر روی یک کشتی نفت‌کش در حال انتقال از آمریکاست. این اطلاعات توسط اِما امریک، خواهر ناتنی آتاکان، در دسترس قرار می‌گیرد.

ماموریت سالید اسنیک نفوذ به نفت‌کش و عکس‌برداری از متال گیر جدید در جهت اثبات وجود آن به دنیاست.

به محض ورود سالید اسنیک به عرشه نفت‌کش، کشتی به تصرف یک نیروی نظامی روسی درمی‌آید. این همان گروه مزدوری است که از سال 1991 توسط سرگئی گورلوکویچ رهبری می‌شد.

سالید اسنیک به دختر سرگئی گورلوکویچ، الگا گورلوکویچ، بر خورده و با او به مبارزه می‌پردازد، کسی که علی‌رغم حامله بودن تصمیم گرفت تا در نفت‌کش باقی بماند.

پس از شکست الگا یک پهپاد آمریکایی در آسمان به چشم خورده و از سالید اسنیک عکس‌برداری می‌کند، کسی که هم‌اکنون در موضع اتهام توسط آمریکاست.

سالید اسنیک در حالی به نفت‌کش نفوذ کرده و از این متال گیر عکس می‌گیرد، که فرمانده نیروی دریایی آمریکا، اسکات دلف، در حال سخنرانی برای نیروهایش است.

پس از سخنرانی، در کمال تعجب همگان، رولور آسلات حضور یافته و از نقشه‌اش برای سرقت متال گیر ری پرده برمی‌دارد.

سرگئی گورلوکویچ نیز حضور یافته و اسکات دلف را گروگان می‌گیرد.

سرگئی گورلوکویچ توضیح می‌دهد که آن‌ها، با هدف بازگردانی روسیه به شکوه سابقش، قصد دارند تا متال گیر ری را تصاحب کرده و آن را به روسیه بفروشند.

باری دیگر در کمال تعجب همگان، آسلات فاش می‌کند که این نقشه او به شمار نمی‌رود. سرگئی گورلوکویچ احتمال می‌دهد که آسلات همچنان با سالیدوس اسنیک هم‌دست است، اما آسلات افشا می‌سازد که او برای میهن پرستان فعالیت می‌کند.

سرگئی گورلوکویچ بخاطر خیانت آسلات عصبانی شده و می‌کوشد تا به او شلیک کند، اما آسلات در کشیدن اسلحه سریعتر عمل می‌کند. آسلات گورلوکویچ، سربازانش و اسکات دلف را به قتل می‌رساند. پس از آن، او مواد انفجاری کارگذاشته‌شده بر نفت‌کش را فعال کرده و سوار بر متال گیر ری فرار می‌کند.

سالید اسنیک به سرقت متال گیر ری متهم شده و از این رو مجبور است تا مخفی بماند.

رسانه‌ها، که بازیچه دست میهن پرستان می‌شود، اعلام می‌کنند که سالید اسنیک رهبری تصرف تروریستی نفت‌کش را به همراه دیگر اتفاقات بر عهده داشت. نیروی دریایی نیز از ترس یک فاجعه زیست محیطی، تفنگداران دریایی آمریکا را برای خنثی‌سازی این تهدید اعزام می‌کند. رسانه‌ها اظهار دارند که اسنیک نفت‌کش را غرق و همه افراد حاضر را، از جمله خود، به کشتن داد. پاکسازی بزرگی که لازم است اما، پوششی تمام و کمال برای احداث بیگ شل در اختیار میهن پرستان قرار می‌دهد.

الگا گورلوکویچ رهبری نیروی نظامی پدرش را به عهده می‌گیرد. او دخترش، سانی را نیز به دنیا می‌آورد، کسی که توسط میهن پرستان گروگان گرفته شده تا الگا را به خدمت آن‌ها درآورد.

مشخص می‌شود که یک گروه تروریستی، که خود را فرزندان آزادی می‌نامد، در بیگ شل گروگان می‌گیرد. رهبر گروه ادعا می‌کند که سالید اسنیک است. در میان گروگان‌ها چهل و چهارمین رئیس جمهور آمریکا، جیمز جانسون نیز، حضور دارد. فرزندان آزادی سی میلیارد دلار را مطالبه کرده و مدعی است که در صورت برآورده نشدن درخواست‌شان، بیگ شل را از بین خواهند برد، امری که یک فاجعه زیست محیطی حیرت‌انگیز به بار می‌آورد.

FOXHOUND، به منظور نجات گروگان‌ها، رایدن را به بیگ شل اعزام می‌کند. در این هنگام او توسط شخصی که ادعا می‌کند ایروکوی پلسکین است کمک می‌یابد.

پس از رویارویی با رهبر فرزندان آزادی مشخص می‌شود که او سالیدوس اسنیک است، با وجود آنکه ادعا کرده بود که سالید اسنیک بوده تا وی را باری دیگر در معرض اتهام قرار دهد. پلسکین فاش می‌کند که وی خود سالید اسنیک است.

در طی ماموریت، رایدن متوجه می‌شود که بیگ شل چیزی جز یک متال گیر غول‌آسا، به نام آرسنال گیر، نیست. گذشته از این، آرسنال گیر هوش مصنوعی میهن پرستان را در دست دارد.

رایدن و سالید اسنیک با کمک آتاکان و خواهر ناتنی او، اما امریک، موفق به نصب ویروسی در هوش مصنوعی میهن پرستان می‌شوند.

اما امریک توسط ومپ، یکی از اعضای فرزندان آزادی، کشته می‌شود.

آسلات بازمی‌گردد و افشا می‌کند که تمام ماموریت رایدن تنها یک شبیه‌سازی بزرگِ سازمان‌یافته به دست هوش مصنوعی میهن پرستان بوده. هدف این ماموریت بازسازی وقایع شدو موزس و از این رو شکل‌دهی یک ابر سرباز جدید همچون سالید اسنیک به شمار می‌رفت.

هوش مصنوعی میهن پرستان با رایدن تماس گرفته و از او می‌خواهد تا سالیدوس اسنیک را به قتل برساند، در غیر اینصورت آن‌ها نامزد رایدن، رزمری را، به کشتن خواهند داد.

رایدن در پایان به مرکز آرسنال گیر رسیده و در آنجا با مجموعه‌ای از متال گیر ری‌ها مقابله می‌کند، پس از آن او با سالیدوس اسنیک روبه‌رو می‌شود. سالیدوس اسنیک برای رایدن فاش می‌کند که پدرخوانده وی بوده.

رایدن از دستورات هوش مصنوعی میهن پرستان پیروی کرده و سالیدوس اسنیک را به قتل می‌رساند. او که بخاطر بازیچه شدن خشمگین می‌شود، با خود عهد می‌بندد که میهن پرستان را پیدا کرده و از میان بردارد.

حال آسلات تماما تحت کنترل لیکوئید اسنیک درآمده و لیکوئید آسلات نامیده می‌شود. سالید اسنیک، که خیلی سریع پیر می‌شود، الد اسنیک نام می‌گیرد.

دنیا هم‌اکنون تماما توسط ارتش‌های خصوصی (PMCها)، که متشکل از سربازان ارتقایافته توسط نانوماشین‌هاست، کنترل می‌شود. بزرگترین PMC همانیست که تحت کنترل لیکوئید آسلات قرار گرفته.

سازمان ملل خواهان ترور لیکوئید آسلات است، و به واسطه سخنان متقاعدکننده روی کمپل، اسنیک تصمیم می‌گیرد تا باری دیگر با کمک آتاکان راهی ماموریت شود. سانی، دختر الگا گورلوکویچ نیز، به همراه آنهاست.

اولین تلاش اسنیک در کشتن لیکوئید آسلات به شکست می‌انجامد، اما او متوجه می‌شود که دکتر نائومی هانتر توسط لیکوئید آسلات اسیر شده است.

اسنیک نائومی هانتر را نجات می‌دهد، کسی که به او توضیح می‌دهد که ویروس فاکس‌دای در حال جهش در بدن اوست. او همچنین هدف لیکوئید آسلات را برایش شرح می‌دهد: او می‌خواهد در جهت دستیابی به هوش مصنوعی اصلی میهن پرستان، جسد بیگ باس را بدست آورده و اطلاعات بایومتریک آن را مورد استفاده قرار دهد. این امر کنترل تمام نانوماشین‌های موجود در جهان، و در نتیجه تمام PMCها را، به او واگذار می‌کند.

اسنیک با مجموعه‌ای از ماشین‌های مکانیکی مبارزه می‌کند و توسط یک نینجای سایبورگ، که مشخص می‌شود رایدن است، کمک می‌یابد.

لیکوئید آسلات جسد بیگ باس را به دست آورده و تمامی PMCهای موجود در جهان را، به استثنای PMC خود، از کار می‌اندازد. حال نقشه او از بین بردن میهن پرستان است و برای انجام آن ناگزیر است به تنها سلاح هسته‌ای که تحت کنترل میهن پرستان نیست دست ببرد: متال گیر رکس در شدو موزس.

حال اسنیک به شدو موزس نفوذ کرده و موفق می‌شود پیش از لیکوئید آسلات کنترل متال گیر رکس را بدست بیاورد، کسی که در پایان کنترل یک متال گیر ری را به دست می‌گیرد. آن‌ها مبارزه‌ای ماشینی را آغاز می‌کنند که به آسیب دیدن شدید هر دوی آن‌ها ختم می‌شود.

لیکوئید آسلات سوار بر بهشت بیرونی می‌شود و اسنیک، به همراه رایدن و واحد Rat Patrol، کمی بعد آن را تعقیب می‌کنند.

اسنیک پس از عبور از سیستم حفاظتی مایکروویو بهشت بیرونی، با استفاده از ویروس فاکس‌الایو، که توسط نائومی هانتر و سانی ساخته شده، موفق می‌شود پرتاب ریل‌گان را متوقف کند. این ویروس هوش مصنوعی System متعلق به میهن پرستان را از بین می‌برد که در نتیجه آن تمامی هوش مصنوعی‌ها و نانوماشین‌های موجود در جهان را نابود می‌کند. دنیا از میهن پرستان رهایی می‌یابد.

لیکوئید آسلات فاش می‌کند که فاکس‌الایو از همان ابتدا نقشه وی بوده، روشی از سوی او برای تحقق رویای بیگ باس. لیکوئید آسلات و اسنیک درگیر مبارزه نهایی می‌شوند که پس از آن لیکوئید آسلات کشته می‌شود.

اسنیک به مزار بیگ باس سر می‌زند. او که تنها یک سال برای زندگی دارد و ویروس فاکس‌دای در حال جهش و تهدید اطرافیان او به مرگ است، تصمیم به خودکشی می‌گیرد.

پیش از کشیدن ماشه، یک نفر که شخصی دیگر را بر روی ویلچر به جلو می‌برد به او نزدیک می‌شود. آن مرد بیگ باس است و بدن ناتوان سرگرد زیرو را با خود به همراه دارد.

بیگ باس توضیح می‌دهد که جسد یخ‌زده استفاده‌شده توسط لیکوئید آسلات، جسد سالیدوس اسنیک بود و از آنجا که او کلون بی‌نقص وی به شمار می‌رفت، نتیجه‌بخش واقع شد.

بیگ باس بیان می‌کند که سرگرد زیرو در پایان به هوش مصنوعی اجازه داد کنترل میهن پرستان را به عهده بگیرد، امری که وابستگی دنیا به اقتصاد جنگی را منجر شد.

بیگ باس آگاه از آنکه این دید شدیدا با نگرش باس نسبت به دنیا فاصله دارد، در پایان مخزن اکسیژنی که سرگرد زیرو را زنده نگه داشت قطع می‌کند.

اسنیک و بیگ باس با یکدیگر آشتی می‌کنند و پس از آن، بیگ باس در آغوش اسنیک جان می‌بازد.