Соединённые Штаты отправляют своего лучшего агента по имени Босс (The Boss) в СССР, в попытке отыскать Наследие Философов.

FOX отправляет секретного агента Нейкед Снейка (Naked Snake) в СССР, в попытке найти и выкрасть Соколова, а так же уничтожить Шагоход. Операция называется «Миссия Добродетель»». Во время миссии, Нейкед Снейку помогают по радио, остальные члены FOX: Майор Зеро (Major Zero), Sigint (Электронная Разведка) и Пара-Медик (Para-Medic).

После того как Нейкед Снейк практически выполнил задачу, к его удивлению, он встречает Босс, свою наставницу, которая, кажется, переметнулась на сторону СССР и стала предательницей.

Мятежная группа, состоящая из членов спецназа ГРУ, управляемая полковником Волгиным, стремится выступить против Никиты Хрущева.

Босс отдает Американскую ядерную боеголовку полковнику, которая используется Волгиным, чтобы уничтожить Исследовательскую установку на территории СССР. Все выглядит так, как будто Соединённые Штаты напали на Союз - очень изобретательный ход, подготовленный СССР.

Никита Хрущев требует от Соединённых Штатов доказательств, что они не причастны к ядерной атаке, совершенной Босс и Волгиным. Штаты решают отослать Нейкед Снейка обратно в Советский Союз, с целью удовлетворить просьбу Хрущева – избавится от Босс, наставницы Снейка, и полковника Волгина. Операция названа «Snake Eater».

КГБ связывает отряд FOX с двумя агентами АНБ, которые, в 1960 году, перешли на сторону СССР: АДАМ и ЕВА. АДАМ поможет Нейкед Снейку достать некоторую информацию, и в конечном счете сбежит.

В точке встречи, появляется только ЕВА, которая сообщает, что была послана вместо АДАМа. Военный отряд, под управлением Оцелота, атакует Нейкед Снейка и ЕВУ. Оцелот берет ЕВУ в заложники, но в итоге проигрывает и вынужден отступить.

Нейкед Снейк и ЕВА узнают, что Волгин обладает Наследством Философов.

Выполняя миссию по поиску Шагохода, Нейкед Снейк вступает в бой и побеждает всех членов отряда «Кобра», кроме Босс: Боль, Ярость, Конец, Страх и Печаль. Во время допроса, проводимого Волгиным, Босс и Оцелотом, Нейкед Снейк получает пулю и теряет один глаз.

Нейкед Снейк уничтожает «Шагоход» и убивает полковника Волгина.

Чего Снейк не знал, так это того, что ЕВА на самом деле шпионка Китайского руководства (не стоит забывать, Китай так же хочет получить Наследие Философов). В конечном счете, ЕВЕ удается достать микрофильм, но позже оказывается, что это фальшивка. Настоящий, забрал Оцелот – тройной агент, работающий на Философов. На самом деле, АДАМ это и был Оцелот, но никто об этом не знал.

Оцелот отдает Наследие Соединённым Штатам, но только половину. Предполагается, что оставшаяся половина, в руках КГБ.

Нейкед Снейк узнает, что Босс никогда не предавала Штаты, а наоборот, исполняла их приказы все это время. Правительство США приказало ей, заручиться доверим Волгина, отдав ему ядерную боеголовку, и, конечно же, получить доступ к Наследию. Чего они точно не ожидали, так это того, что Волгин на самом деле взорвет боеголовку в Исследовательском комплексе, чтобы подставить США. На этом этапе, Штаты изменяют цель ее миссии. Ей приходится играть свою роль при Волгине, и ждать пока Нейкед Снейк не убьет ее. Все для того, чтобы избежать обвинений в сторону Соединённых Штатов. Она стала героем своей страны, которого навсегда запомнят, как предателя.

США награждают Нейкед Снейка и дают новое кодовое имя – Биг Босс.

Оцелот говорит по телефону с главой КГБ, обсуждая роль Никиты Хрущева. Вскоре после этого, Хрущева смещают с поста.

Солид Снейк и Отакон узнают, что новый Метал Гир, под названием RAY, перевозится через Штаты, на танкере. Информацию предоставила Эмма Еммерих - сводная сестра Отакона.

Миссия Солида Снейка - проникнуть на танкер, и сделать фотографии нового Метал Гир, дабы доказать его существование всему миру.

Как только Солид Снейк высаживается на танкер, судно захватывают российские вооруженные силы. Это группа наемников, с 1991 года, управляемая Сергеем Гурлуковичем.

Солид Снейк встречает и вступает в схватку с дочерью Сергея Гурлуковича, Ольгой, которая осталась на танкере, не смотря на беременность.

После победы над Ольгой, появившийся в небе дрон Соединенных Штатов, фотографирует Солида Снейка. Теперь США легко могут обвинить его.

Солид Снейк проникает внутрь танкера и делает фотографии Метал Гир, пока командир Морских Котиков США, Скотт Дольф произносит речь, перед своими солдатами.

После речи, ко всеобщему удивлению, появляется Револьвер Оцелот, объявляя, что намеревается забрать Метал Гир RAY с собой.

Также, появляется Сергей Гурлукович и берет Скотта Дольфа в заложники.

Сергей Гурлукович объясняет, что они намереваются забрать Метал Гир RAY и продать его России, с целью восстановить ее былое могущество.

И опять, ко всеобщему удивлению, Оцелот говорит, что у него другой план. Сергей Гурлукович предпологает, что Оцелот все еще работает с Солидусом Снейком, а Оцелот открывает, что он работает на Патриотов.

Сергей Гурлукович в ярости, из-за предательства Оцелота, и пытается застрелить его, но Оцелот намного быстрее выхватывает пистолет. Оцелот убивает Гурлуковича, его солдат, и Скотта Дольфа. После этого, он детонирует взрывчатку, размещенную на танкере и сбегает на борту Метал Гир RAY.

Солида Снейка обвиняют в краже Metal Gear RAY, что вынуждает его уйти в подполье.

СМИ, под управлением Патриотов, сообщают, что Солид Снейк возглавил террористический захват нефтяного танкера, и по причине возможной экологической катастрофы, Морской Флот отправил Котиков, разобраться с угрозой. СМИ говорят, что Снейк потопил танкер, убив при этом и себя, и всех кто там был. Серьезная чистка, которую придется провести, дает Патриотам идеальное прикрытие, для возведения платформы 'Big Shell'.

Ольга Гурлукович берет на себя командование отцовской армией. У нее рождается дочь Санни, которую Патриоты берут в заложники, как способ заставить Ольгу служить им.

Группа террористов, называющая себя "Сынами Свободы", берет заложников на платформе Big Shell. Лидер группировки представляется как Солид Снейк. Среди заложников - 44-ый президент США Джеймс Джонсон. Сыны Свободы требуют 30 миллиардов долларов, и говорят, что в случае, если их требования не будут удовлетворены, они уничтожат Big Shell, создав тем самым, экологическую катострофу невероятных масштабов.

FOXHOUND посылает агента Райдена на Big Shell, с целью спасти заложников. Здесь ему помогает человек, представившийся как Ирокез Плисскин.

После встречи с лидером Сынов Свободы, его личность подтверждается как - Солидус Снейк, который утверждал, что он Солид Снейк, с целью подставить последнего еще раз. Плисскин открывает, что он и есть Солид Снейк.

Во время миссии, Райден узнает, что Big Shell, не что иное, как огромный Метал Гир, под названием Арсенал Гир. Так же, он несет на себе ИИ Патриотов.

С помощью Отакона и его сводной сестры Эммы Эммерих, Райдену и Солиду Снейку удается установить вирус в ИИ Партиотов.

Эмму Эммерих убивает Вамп - один их членов Сынов Свободы.

Оцелот возвращается, рассказывая, что вся миссия Райдена была всего лишь симуляцией, которую устроил ИИ Патриотов. Целью мисси было воссоздать события Шэдоу Мозес, и тем самым, сформировать нового супер солдата - такого же как Солид Снейк.

ИИ Патриотов связывается с Райденом и просит его убить Солидуса Снейка, в противном случае, они убьют его любимую - Розмари.

В конечном счете, Райдену удается добраться до ядра Арсенал Гира, где он вступает в схватку с несколькими Метал Гир RAY, после чего он встречает Солидуса Снейка. Солидус открывает Райдену, что он был его приемным отцом.

Райден, исполняя волю ИИ Патротов, убивает Солидуса Снейка. В ярости, от того, что им манипулировали, он клянется найти и уничтожить Патриотов.

Ликвид Снейк, теперь полностью под контролем Оцелота. Теперь его имя - Ликвид Оцелот. Солид Снейк, стареющий на глазах, теперь зовется Старый Снейк.

Теперь мир полностью контролируют частные военные компании (ЧВК), состоящие из солдат, усовершенствованных нанороботами. Крупнейшую ЧВК контролирует Ликвид Оцелот.

ООН хочет убрать Ликвида Оцелота, и благодаря убедительной речи Роя Кемпбелла, Снейк решает взяться за это дело, в котором ему опять помогает Отакон. Вместе с ними Санни - дочь Ольги Гурлукович.

Первая попытка Снейка, убить Ликвида Оцелота, проваливается, но он узнает, что доктор Наоми Хантер в заложниках у Ликвида.

Снейк спасает Наоми Хантер. Она объясняет, что вирус FOXDIE в его теле начал мутировать. Также она раскрывает цель Ликвида Оцелота: он хочет добраться до тела Большого Босса, чтобы при помощи его биометрических данных получить доступ к мастер-ИИ системы «Патриотов». Это даст ему власть над всеми наномашинами в мире, а следовательно и над всеми ЧВК.

Снейк сражается против группы боевых роботов. В этом бою ему помогает кибернетический ниндзя, оказавшийся Райденом.

Ликвид Оцелот получает в руки тело Большого Босса и "выключает" все ЧВК, за исключенией своей организации. Теперь его цель — уничтожение системы "Патриотов". Для этого Ликвиду необходимо добраться до единственной машины, не контролируемой системой и способной произвести запуск ядерной боеголовки: Metal Gear REX на острове Шэдоу Мозес.

Снейк отправляется на Шэдоу Мозес и берёт под контроль Metal Gear REX прежде, чем до него добирается Ликвид. Последний, в свою очередь, садится в кабину Metal Gear RAY и происходит динамичная битва двух боевых машин. В результате, обе получают критические повреждения.

Ликвид Оцелот запрыгивает на борт своей плавающей крепости, Outer Haven, а Снейк, вместе с Райденом и Крысиным патрулём Мерил, вскоре следует за ним.

Пробравшись через микроволновку системы защиты Outer Haven, Снейк, при помощи вируса FOXALIVE, сумел остановить запуск ядерной боевоголовки с рельсовой пушки. Вирус, созданный Наоми и Санни, уничтожает систему "Патриотов", что приводит к разрушению всех ядер искусственного интеллекта и наномашин. Теперь мир по-настоящему свободен от власти "Патриотов".

Ликвид Оцелот признаётся, что работа с вирусом «FOXALIVE» была его попыткой вопролить в жизнь мечту Биг Босса. Два старых противника сходятся в последней битве, смертельной для одного из них. Ликвида Оцелота.

Снейк посещает могилу Биг Босса. Жить ему осталось около года, а вирус «FOXDIE» мутирует и вырвавшись из его тела может уничтожить всех вокруг. Чтобы не допустить этого, Снейк собирается покончить с собой.

Собравшись уже было нажать на спусковой крючок, Снейк замечает приближающегося к нему человека, везущего мужчину в инвалидном кресле. Это Биг Босс, а к вресле сидит парализованный майор Зеро.

Биг Босс рассказывает, что замороженное тело, использованное Ликвид-Оселотом принадлежало Солидусу Снейку, который был единственным идеальным клоном Биг Босса.

Биг Босс объяснил, что майор Зеро позволил искусственному интеллекту взять верх над «Патриотами». Это и привело к зависимости мира от экономики военного времени.

Биг Босс отдаёт себе отчёт, что подобное мировоззрение основывается на мнении и мировоззрении Босс. Поэтому принимает решение отключить подачу кислорода, который поддерживал жизнь в теле майора.

Снейк и Биг Босс пришли к примирению, после чего последний умер на руках Снейка.