Stany Zjednoczone wysyłają swoją najlepszą agentkę - The Boss - do Rosji, w celu odnalezienia Dziedzictwa Filozofów.

Tajny agent FOX - Naked Snake - zostaje wysłany do Rosji, aby znaleźć i odzyskać Sokołowa oraz zniszczyć Szagochoda. Operacja dostaje kryptonim Virtuous Mission. Podczas misji jest wspierany radiowo przez innych członków FOX - Majora Zero, Donalda Andersona (Sigint) i Dr. Clark (Para-Medic).

Będąc bliskim ukończenia misji, Naked Snake zostaje powstrzymany przez swoją własną mentorkę - Boss. Wszystko wskazuje na to, że zdradziła Stany Zjednoczone i uciekła do Rosji.

Rebeliancka grupa Spetsnaz GRU, sił militarnych Rosji, dowodzona przez Pułkownika Volgina dąży do wyeliminowania Nikity Chruszczowa.

The Boss przekazuje Rosji amerykańską głowicę jądrową, która zostaje użyta przez Volgina, aby zniszczyć rosyjski ośrodek badawczy. To posunięcie powoduje, że Stany Zjednoczonę zostają oskarżone o atak na Rosję.

Chruszczow wymaga od Stanów Zjednoczonych udowodnienia, że nie są zamieszani w atak wywołany przez The Boss i Volgina. W związku z tym zdecydowano, że Naked Snake zostanie ponownie wysłany do Rosji, aby wypełnić żądania Chruszczowa - pozbyć się swojego własnego mentora - The Boss oraz Pułkownika Volgina. Operacja Snake Eater.

KGB kontaktuje FOX z dwoma agentami NSA, którzy uciekli do Rosji w 1960 - ADAMem i EVĄ. ADAM ma pomóc Naked Snake'owi w zdobyciu sprzętu i ucieczce.

Na miejscu spotkania EVA wyjaśnia, że została wysłana na miejsce ADAMa. Naked Snake i EVA zostają zaatakowani przez jednostkę wojskową dowodzoną przez Ocelota. EVA na moment zostaje zakładniczką Ocelota, który jednak po chwili zostaje pokonany i zmuszony do odwrotu.

Naked Snake i EVA dowiadują się, że Volgin posiada Dziedzictwo Filozofów.

Naked Snake podczas misji poszukiwania Szagochoda walczy i pokonuje kolejnych członków Cobra Unit - The Pain, The Fury, The End, The Fear i The Sorrow. Zostaje jednak złapany przez The Boss, Volgina oraz Ocelota; podczas przesłuchania zostaje postrzelony i traci oko.

Naked Snake pokonuje Volgina i niszczy Szagochoda.

Naked Snake nie wie, że EVA jest chińską agentką (Chiny były jednym z państw, które stworzyły Dziedzictwo i chciały je odzyskać). EVA zdobywa mikrofilm, który okazuje się podróbką. Prawdziwy jest w posiadaniu Ocelota, który jest potrójnym agentem pracującym dla Filozofów. Nikt nie wie, że ADAM i Ocelot to ta sama osoba.

Ocelot oddaje mikrofilm Stanom Zjednoczonym, ale tylko połowa zostaje odzyskana. Pozostała część jest w posiadaniu KGB.

Naked Snake odkrywa, że The Boss nie jest zdrajczynią USA i przez cały czas wykonywała swoje rozkazy. Miała zdobyć zaufanie Volgina przekazując mu głowicę, aby zdobyć Dziedzictwo. Nie spodziewała się jednak, że Volgin użyje jej aby zaatakować ośrodek badawczy i że to Stany Zjednoczone zostaną oskarżone o atak. W tym momencie cele jej misji uległy zmianie. Miała w dalszym ciągu grać rolę zdrajczyni i zostać ostatecznie zabita przez Naked Snake'a. The Boss była bohaterem dla swojego kraju, który jednak na zawsze zapamięta ją jako zdrajczynię.

W nagrodę za osiągnięcia Naked Snake otrzymuje nowy tytuł - Big Boss.

Ocelot rozmawia z szefem KGB, omawiając rolę Chruszczowa. Niedługo potem Chruszczow zostaje zdjęty ze swojego stanowiska.

Solid Snake wraz z Otaconem dowiadują się, że nowy Metal Gear o nazwie RAY jest transportowany amerykańskim tankowcem. Informacja zostaje dostarczona przez Emmę Emmerich, przyrodnią siostrę Otacona.

Misją Solid Snake'a jest infitracja tankowca i zrobienie zdjęć nowego Metal Gear'a. Wykorzystując zdjęcia chcą potwierdzić istnienie Metal Gear'a światu.

W momencie w którym Solid Snake dostaje się na pokład tankowca, statek zostaje przejęty przez rosyjskie siły militarne. Jest to grupa najemników dowodzona przez Sergei Gurlukovich od roku 1991.

Solid Snake spotyka i walczy przeciwko córce Sergei Gurlukovich - Oldze Gurlukovich - która pomimo byciu w ciąży postanawia zostać na tankowcu.

Po pokonaniu Olgi amerykański dron pojawia się na niebie i robi zdjęcia Solid Snake'owi. Od tego momentu rząd amerykański może oskarżyć Solid Snake'a o działania kryminalne.

Solid Snake infiltruje tankowiec i robi zdjęcia Metal Gear'a w momencie w którym Scott Dolph - jeden z przywódców Marines - wygłasza mowę do swoich żołnierzy.

Ku zdziwieniu wszystkich po przemowie pojawia się Rewolwer Ocelot, który ujawnia swój plan wzięcia Metal Gear'a RAY ze sobą.

Sergei Gurlukovich również się pojawia i bierze Scott'a Dolpha za zakładnika.

Sergei Gurlukovich wyjaśnia, że planują uprowadzić Metal Gear'a RAY i sprzedać go Rosji z myślą o przywróceniu jej dawnej potęgi.

Po raz kolejny, ku wszystkich zdziwieniu, Ocelot ujawnia, że to nie jest jego plan. Sergei Gurlukovich zakłada, że Ocelot wciąż współpracuje z Solidus Snake'iem, jednak ten informuje, że pracuje dla Patriotów.

Sergei Gurlukovich jest zły, ponieważ został zdradzony przez Ocelota. Próbuje go zastrzelić jednak Ocelot jest znacznie szybszy w wyciąganiu broni. Ocelot zabija Gurlukovicha, jego żołnierzy oraz Scotta Dolpha. Po chwili wysadza ładunki wybuchowe umieszczone wczesniej na tankowcu i ucieka będąc za sterami Metal Gear RAY.

Solid Snake zostaje oskarżony o kradzież Metal Gear RAY a co z tym idzie zostaje zmuszony do ukrywania.

Zmanipulowane przez Patriotów media informują, że Solid Snake kierował grupą terrorystyczną, która przejęła tankowiec transportujący paliwo. Z obawy o katastrofę środowiskową marynarka wojenna wysłała Marines w celu zneutralizowania zagrożenia. Media podają, że Snake zatopił cały tankowiec zabijając wszystkich na pokładzie, w tym siebie samego. Sprzątanie wszystkiego po tych wydarzeniach dało Patriotom wspaniałą przykrywkę na konstrukcję Big Shell.

Olga Gurlukovich przejmuje rolę swojego ojca i staje się przywódcą armii. Rodzi córkę Sunny, która staje się zakładnikiem Patriotów by zmusić Olgę do wykonywania otrzymywanych poleceń.

Grupa terrorystyczna, która nazywa siebie Sons of Liberty (Synowie Wolności), bierze zakładników na Big Shell. Lider grupy podaje, że nazywa się Solid Snake. Wśród zakładników jest 44-ty prezydent Stanów Zjednoczonych - James Johnson. Sons of Liberty żąda 30 miliardów dolarów i grozi zniszczeniem całego Big Shell co spowodowałoby ogromną ekologiczną katastrofę.

FOXHUND wysyła agenta Raiden do Big Shell w celu uratowania zakładników. Na miejscu pomaga mu człowiek podający się jako Iroquois Pliskin.

Po walce z liderem Sons of Liberty wyjaśnia się, że jest nim Solidus Snake, który podawał się za Solid Snake'a. Pliskin okazuje się prawdziwym Solid Snake'iem.

W trakcie misji Raiden odkrywa, że Big Shell nie jest niczym innym jak ogromnym Metal Gear'em zwanym Arsenal Gear. Arsenal Gear dodatkowo przechowuje sztuczną inteligencję Patriotów - Patriots AI.

Dzięki pomocy Otacona i jego siostry Emmy Emmerich, Raiden oraz Solid Snake instalują wirusa w Patriots AI.

Emma Emmerich zostaje zabita przez Vampa, jednego z członków Sons of Liberty.

Ocelot ujawnia, że cała misja Raidena to jedna, wielka symulacja przygotowana przez Patriots AI. Celem tej misji było odtworzenie wydarzeń z Shadow Moses i stworzenie nowego super żołnierza - tak dobrego jak Solid Snake.

Patriots AI kontaktuje się z Raidenem i zleca mu zabicie Solidus Snake'a pod groźbą zabicia ukochanej Raidena - Rosemary.

Raidenowi udaje się dostać do rdzenia Arsenal Gear, gdzie pokonuje całą serię Metal Gear'ów RAY. Następnie walczy z Solidus Snake, który ujawnia Raidenowi, że był jego ojcem zastępczym.

Raiden wykonuje żądania Patriots AI i zabija Solidus Snake'a. Wściekły z faktu bycia zmanipulowanym składa przysięgę, że znajdzie i zniszczy Patriotów.

Na tym etapie Ocelot jest już w pełni kontrolowany przez Liquid Snake'a i jest nazywany Liquid Ocelot. Solid Snake, który starzeję się w nienaturalnie szybkim tempie nazywany jest Old Snake'iem.

Świat jest w pełni kontrolowany przez prywatne firmy militarne (PMCs), które wykorzystują ulepszonych żołnierzy przy użyciu nanomaszyn. Największą PMC jest firma kontrolowana przez Liquid Ocelot.

UN chcą aby Liquid Ocelot był martwy. Dzięki namowom Roy'a Campbell'a Snake decyduje się na misję, po raz kolejny pomagać mu będzie Otacon - tym razem z pomocą Sunny, córką Olgi Gurlukovich.

Pierwsza próba zabicia Liquid Ocelota nie udaje się ale Snake odkrywa, że Dr. Naomi Hunter jest przetrzymywana przez Liquid Ocelota.

Snake ratuje Naomi Hunter, która tłumaczy mu, że wirus FOXDIE w jego ciele mutuje. Tłumaczy mu również cel Liquid Ocelota, który chce odzyskać ciało Big Bossa i użyć jego biometryczne dane aby uzyskać dostęp do głownej sztucznej inteligencji Patriotów. Dałoby mu to możliwość kontrolowania wszystkich nanomaszyn na świecie a co z tym idzie kontrolę nad wszystkimi PMCs.

Snake walczy z całą serią mechów. W pewnym momencie z pomocą nadchodzi Cybernetyczny Ninja, którym okazuje się Raiden.

Liquid Ocelot zdobywa ciało Big Bossa i wyłącza wszystkie PMC na świecie poza swoim własnym. Jego aktualnym planem jest zniszczenie Patriotów i aby to zrobić musi zdobyć kontrolę nad jedyną nuklearną bronią nad którą Patrioci nie mają kontroli - Metal Gear REX w Shadow Moses.

Old Snake infiltruje Shadow Moses i udaje mu się zdobyć kontrolę nad Metal Gear REX przed Liquid Ocelotem, który ostatecznie przejmuje kontrolę nad Metal Gear RAY. Dochodzi do pojedynku Metal Gearów, który kończy się tym, że obydwa odnoszą ogromne obrażenia.

Liquid Ocelot wskakuje na pokład Outer Heaven. Old Snake, wraz z Raidenem i oddziałem Rat Unit idą jego śladem.

Po morderczym przejściu przez mikrofalowy system bezpieczeństwa Outer Heaven, Old Snake'owi udaje się zatrzymać start działa railgun przy użyciu wirusa FOXALIVE stworzonego przez Naomi Hunter i Sunny. Wirus niszczy system Patriotów, który natomiast niszczy wszystkie sztuczne inteligencje i nanomaszyny na świecie. Świat zostaje uwolniony od Patriotów.

Liquid Ocelot ujawnia, że przez cały czas FOXALIVE był jego planem na spełnienie marzenia Big Boss. Liquid Ocelot i Old Snake rozpoczynają ostateczny pojedynek w wyniku którego Liquid Ocelot umiera.

Old Snake'owi pozostał rok życia, odwiedza grób Big Bossa. Wirus FOXDIE w jego ciele mutuje i zagraża życiu wszystkim w jego otoczeniu. Postanawia popełnić samobójstwo.

Chwilę przed naciśnieciem spustu pojawia się mężczyzna pchający drugiego mężczyznę na wózku. Tym człowiekiem jest Big Boss, który pcha sparaliżowanego Majora Zero.

Big Boss tłumaczy, że zamrożone ciało użyto przez Liquid Ocelota było ciałem Solidus Snake'a. Wszystko zadziałało, ponieważ był on perfekcyjnym klonem Big Boss.

Big Boss tłumaczy, że to Major Zero pozwolił sztucznej inteligencji przejąć kontrolę nad Patriotami co spowodowało, że cały świat stał się uzależniony od ekonomi wojny.

Big Boss jest świadomy, że ta wizja odbiega bardzo mocno od wizji świata The Boss. Odłącza dostarczanie tlenu, które utrzymywała Majora Zero przy życiu.

Old Snake i Big Boss godzą się po czym Big Boss umiera w jego ramionach.