Сполучені Штати відправляють The Boss, їх кращого агента, до Росії із завданням знайти Спадок Філософів.

FOX відправляє секретного агента Naked Snake'а до Росії із завданням віднайти Соколова, знищити Shagohod. Завдання назвали "Virtuous Mission". Упродовж місії, Naked Snake'а підтримували інші члени FOX: Major Zero, Sigint та Para-Medic.

Будучи близьким до успішного виконання завдання, Naked Snake'а зупиняє його ментор, The Boss. Здається,The Boss зрадила Сполучені Штати й перейшла на бік Росії.

Росія мілітаризовано репрезентована спецназом ГРУ, їх провідною воєнною силою. Група повстанців всередині ГРУ, очолювана Полковником Волгіним, створює опозицію прем'єрові Микиті Хрущову.

The Boss віддає Росії американську ядерну боєголовку, яку використав Полковник Волгін у знищенні російської дослідницької лабораторії. Цим шляхом, це виглядає неначе Сполучені Штати атакували Росію, дуже винахідливий крок, влаштований Росією.

Росія, у особі російського президента Микити Хрущова, вимагає від Сполучених Штатів довести їх непричетність до ядерної атаки The Boss та повстанця Волгіна. Вони (США) вирішують відправити Naked Snake`а назад до Росії із завданням виконати запит Хрущова: розібратись із The Boss, наставником Naked Snake`a, та Полковником Волгіним. Операцію назвали "Snake Eater".

КГБ знайомить підрозділ FOX із двома агентами, котрі втікли до Росії у 1960-ому: ADAM та EVA. ADAM допоможе Нейкед Снейку отримати деяку інформацію та опісля виконання завдання, залишити місце проведення операції.

На місце зустрічі прибуває лише EVA ....

Naked Snake та EVA розуміють, що Волгін володіє Спадком Флософів.

Виконуючи своє завдання знаходження Shagohod, Naked Snake зустрічає та знешкоджує кожного з членів Kobra Unit, окрім The Boss: The Pain, The Fury, The End, The Fear та The Sorrow. Перебуваючи на допиті у Волгіна, The Boss та Ocelot`a, Naked Snakeотримує поранення та втрачає одне око. 

Naked Snake знищує Shagohod та вбиває Полковника Волгіна.

Що Naked Snake не знав, так це те, що EVA є шпигуном китайського уряду (не забуваймо, що США бажає заволодіти Спадком Філософів). EVA перехоплює мікрофільм, але пізніше виявиться, що саме цей мікрофільм був підробкою. Справжній мікрофільм у Ocelot`a, потрійного агента, котрий працює на Філософів. Ocelot і був тим ADAM`ом, але ніхто цього не знав.

Ocelot віддає Спадок в руки Сполучених Штатів, але розшифрувати вдалось тільки половину. Виявляється, друга половина у КГБ.

Naked Snake дізнається, що The Boss не зраджувала Сполучені Штати, а навпаки, виконувала їх накази увесь час. Вона отримала наказ від уряду США, за яким її національним обов'язком є завоювання довіри Волгіна, віддаючи йому ядерну зброю, а ціллю її було - звичайно - отримати доступ до Legacy. Що вони не очікували, так це того, що Волгін дійсно використає ядерну зброю супроти російскої наукової бази, аби дискредитувати Сполучені Штати. У цей момент США переглянули завдання The Boss. Уряд дав їй наказ продовжувати виконувати ролю зрадниці та очікувати власної ж смерті від рук Naked Snake. Усе це задля того аби врятувати репутацію Сполучених Штатів. Вона була героєм своєї держави, у книжках натомість її запам'ятають як зрадницю.

Сполучені Штати нагороджують Naked Snake`a титулом Big Boss.

Ocelot телефонує керівнику КГБ, обговорюючи ролю Микити Хрущова. Незабаром Хрущова звільняютоь з посади.

Solid Snake та Otacon дізнаються, що новий Metal Gear, найменований MG Ray, транспортовано через Сполучені Штати танкером. Інформацію надала Емма Емеріх, звідна сестра Otacon`а.

Завдання Solid Snake`a - проникнути на танкер та зробити світлини нового Metal Gear, аби підтвердити його існування світові.

Як тільки Solid Snake опиняється на танкері, корабель захоплюють російські війскові сили, а саме: мілітаризована група найманців, очолювана Сергієм Гурлуковичем з 1991-го року.

Solid Snake зустрічається та вступає у сутичику із дочкою Сергія Гурлуковича, Ольгою, котра вирішує залишитись на танкері, незважаючи на свою вагітність.

Після знешкодження Ольги, у небі з'являється дрон Сполучених Штатів Америки і фотографує Solid Snake`a, котрий тепер у позиції розшукуваного Сполученими Штатами.

Solid Snake проникає на танкер та робить фото Metal Gear, в той час як командант морських піхотинців США Скот Долф провадить промову до своїх підлеглих військовиків.

Після промови, на загальне здивування, з'являється Revolver Ocelot, який відкриває свій план захопити контроль над Metal Gear Ray.

Сергій Гурлукович також з'являється та бере Скота Долфа у бранці.

Сергій Гурлукович пояснює, що вони планують перехопити MG Ray і продати його до Росії, аби відновити її колишню імперську могутність.

Знову на загальний подив, Revolver відкриває, що це не його план. Cергій Гурлукович доходить до висновку, що Revolver Ocelot все ще працює із Solid Snake`ом, а Ocelot сам пояснює, що він наразі працює на The Patriots.

Сергій Гурлукович приходить у безум через зраду Ocelot`а і намагається поцілити його пострілом, але Ocelot швидше витягає зброю. Ocelot вбиває Сергія, його найманців та Скота Долфа. Після цього, він пускає танкерпід воду, тікаючи на борту MG Ray.

Solid Snake`у інкримінують викрадання Metal Gear Ray у морських піхотинців США, він вимушений переховуватись.

Керовані The Patriots доповіді та репортажі медіа-ресурсів говорять, що Solid Snake очолив "терористичне захоплення танкеру з нафтою і щоб знешкодити загрозу та не допустити втрати нафти, влада США скеровула своїх морських піхотинців на борт танкеру". Медіа також говорять, що Snake "потопив танкер та вбив усіх на борту, включаючи й самого себе". Дуже продуманий хід The Patriots, який чудово прикриє конструкцію Big Shell.

Ольга Гурлукович займає місце батька й очолює його армію найманців. Вона народжує сина Sunny, котрого беруть в заручники The Patriots, аби змусити працювати на них Ольгу.

It emerges that a terrorist group that calls themselves Sons of Liberty is taking hostages inside the Big Shell. The leader of the group claims to be Solid Snake. Among the hostages there is the 44th President of the US, James Johnson. Sons of Liberty demands 30 billion dollars, and claims that in case their request is not met, they will destroy the Big Shell, creating an incredible ecological catastrophe.

FOXHOUND sends agent Raiden to the Big Shell in order to save the hostages. Here he is helped by a man who claims to be Iroquois Pliskin.

After an encounter with the leader of Sons of Liberty, it is clarified that he is Solidus Snake, but claimed to be Solid Snake in order to frame him once again. Pliskin reveals himself to be Solid Snake.

During the mission Raiden discovers that the Big Shell is nothing else that an enormous Metal Gear, called Arsenal Gear. The Arsenal Gear additionally holds the Patriots AI.

Raiden and Solid Snake, with the help of Otacon and his step sister Emma Emmerich, manage to install a virus inside the Patriots AI.

Emma Emmerich is killed by Vamp, one of the members of Sons of Liberty.

Ocelot comes back revealing that Raiden's entire mission was just a big simulation orchestrated by the Patriots AI. The aim of the mission was to recreate the events of Shadow Moses and therefore shape a new super soldier as good as Solid Snake.

The Patriots AI contacts Raiden and requests him to kill Solidus Snake, otherwise they will kill Raiden's loved one, Rosemary.

Raiden eventually gets to the core of the Arsenal Gear where he fights against a series of Metal Gear RAYs, after which he meets Solidus Snake. Solidus Snake reveals to Raiden that he was his foster father.

Raiden follows the Patriots AI orders and kill Solidus Snake. Angered for being manipulated, he vows to find and destroy the Patriots.

Ocelot is now fully controlled by Liquid Snake, and is now called Liquid Ocelot. Solid Snake, who is aging really fast, is now called Old Snake.

The world is now fully controlled by private military companies (PMCs) composed by soldier enhanced by nanomachines. The biggest PMC is the one controlled by Liquid Ocelot.

The UN wants Liquid Ocelot assassinated, and thanks to the convincing words of Roy Campbell, Snake decides to go on a mission with the help, once again, of Otacon. Together with them is Sunny, Olga Gurlukovich's daughter.

Snake's first attempt to kill Liquid Ocelot fails, but he discovers that Dr. Naomi Hunter is held captive by Liquid Ocelot.

Snake rescues Naomi Hunter, who explains him that the FOXDIE virus in his body is mutating. She also explains him Liquid Ocelot's goal: he wants to obtain Big Boss body and use his biometric data to access the Patriots' master AI. This will grant him control of all the nanomachines in the world and therefore of all PMCs.

Snake fights against a series of machinized mechs, and is helped by a Cyborg Ninja, who is revealed to be Raiden.

Liquid Ocelot obtains Big Boss' body and shuts down every PMC in the world excluding his own. His plan is now to destroy the Patriots, and for doing this he has to gain access to the only nuclear weapon not controlled by the Patriots: the Metal Gear REX in Shadow Moses.

Snake now infiltrates in Shadow Moses and manages to gain control of the Metal Gear REX before Liquid Ocelot, who eventually takes control of a Metal Gear RAY. They start a mech duel that ends up with both being severely injured.

Liquid Ocelot jumps onboard of the Outer Haven and Snake - together with Raiden and the Rat Patrol unity, follow shortly after.

After going through the microwave defence system of Outer Haven, Snake manages to halt the railgun launch by using the FOXALIVE virus created by Naomi Hunter and Sunny. The virus destroys the Patriot System, which in turn destroys all AI's and nanomachines in the world. The world is free from the Patriots.

Liquid Ocelot reveals that FOXALIVE was his plan all along, his way to fulfil Big Boss dream. Liquid Ocelot and Snake engage in one final duel after which Liquid Ocelot dies.

Snake visits Big Boss' grave. With only a year to live and the FOXDIE mutating and threatening to kill everyone around him, he decides to commit suicide.

Before pulling the trigger, he is approached by a man pushing another man on a wheelchair. That man is Big Boss, carrying with him the now paralyzed Major Zero.

Big Boss explains that the frozen body used by Liquid Ocelot was Solidus Snake's body, and it worked because he was his perfect clone.

Big Boss explains that Major Zero eventually let the AI take over control of the Patriots, which led to the world being dependent on war economy.

Big Boss is aware that this vision strongly diverged from The Boss vision of the world, and eventually closes the oxygen supply that keeps Major Zero alive.

Snake and Big Boss reconcile, after which Big Boss dies in his arms.