Die Vereinigten Staaten schicken The Boss, ihre beste Agentin, nach Russland mit dem Ziel das Erbe der Philosphen zu finden.

FOX schickt den Geheimagenten Naked Snake nach Russland, mit dem Ziel Sokolov zu finden und zu retten, und dabei den Shagohod zu zerstören. Die Mission ist als 'Virtuose Mission' betitelt. Während der Mission wird Naked Snake per Funk durch die FOX Mitglieder: Major Zero, Sigint und Para-Medic, unterstützt.

Kurz bevor er seine Mission abschließen kann, wird Naked Snake von seiner Mentorin, The Boss aufgehalten. Es scheint so als ob Boss abtrünnig geworden ist und die Vereinigten Staaten verraten hat.

Russland wird militärisch von der GRU Spetsnaz repräsentiert. Eine Rebellengruppe der GRU SpezNas, geführt von Oberst Volgin, ziehlt darauf sich gegen den sovietischen Premierminister Nikita Khrushchev zusetzen.

The Boss gibt Russland einen amerikanischen Nuklear-Sprengkopf, der von Colonel Volgin verwendet wird, um eine russische Forschungsanlage zu zerstören. Dadurch scheint es so, als ob die Vereinigten Staaten Russland angegriffen hätten, ein brillianter Schachzug der von Russland selbst durchgeführt wurde.

Die Vereinigten Staaten müssen nun Russlands Präsidenten Khrushchev beweisen, dass sie nichts mit dem Anschlag, der von The Boss und Volgin durchgeführt wurde, zu tun haben. Deshalb entscheiden sie sich Naked Snake zurück nach Russland zu schicken, mit dem Ziel Khrushchev's Anforderung zu erfüllen und The Boss, die Mentorin von Naked Snake, und Oberst Volgin auszuschalten. Die Mission 'Operation Snake Eater' beginnt.

Der KGB setzt die FOX Einheit mit zwei NSA Agenten zusammen, die 1960 nach Russland überliefen: ADAM und EVA. ADAM wird Naked Snake helfen Informationen zu sichern und letztendlich zu flüchten.

Am Treffpunkt erscheint nur EVA und gibt bekannt, dass sie an Stelle von ADAM geschickt wurde. Naked Snake und EVA werden von einer Militäreinheit, die von Ocelot geführt wird, angegriffen. Ocelot nimmt EVA als Geisel, wird aber besiegt und zieht sich letztendlich zurück.

Naked Snake und EVA finden heraus, dass Volgin im Besitz des Erbes der Philosophen ist.

Bei seiner Mission den Shagohod zu finden, stellt sich Naked Snake allen Mitgliedern, bis auf The Boss, der Cobra Unit: The Pain, The Fury, The End, The Fear und The Sorrow entgegen und besiegt sie. Während eines Verhörs, das von Volgin, The Boss und Ocelot durchgeführt wird, wird Naked Snake von einer Kugel getroffen und verliert sein rechtes Auge.

Naked Snake zerstört den Shagohod und besiegt Oberst Volgin.

Was Naked Snake allerdings nicht weiß, ist dass EVA in Wirklichkleit eine Spionin der chinesischen Regierung ist, welche ebenfalls ihre Hände an das Erbe der Philosophen legen will. EVA gelingt es schließlich sich den Mikrofilm anzueignen, welcher sich im Nachhinein als Fälschung herausstellte. Der echte Mikrofilm wird von Ocelot erworben, einem Dreifach-Agenten der für die Philosophen arbeitete. In Wahrheit war Ocelot ADAM, worüber keiner Bescheid wusste.

Ocelot gibt das Erbe an die Vereinigten Staaten, wobei nur die Hälfte wiederhergestellt wird. Es wird vermutet, dass die andere Hälfte in den Händen des KGB liegt.

Naked Snake findet heraus, dass The Boss die Vereinigten Staaten nicht absetzte, sondern von Anfang an ihre Befehle befolgte. Ihr wurde von der Regierung befehligt, Volgins Vertrauen zu gewinnen, indem sie ihm den nuklearen Sprengkopf gibt. Das Ziel war jedoch von Anfang an Zugang zum Erbe zu bekommen. Was sie jedoch nicht annahmen ist, dass Volgin wirklich den nuklearen Sprengkopf benutzten würde um eine russische Forschungsstation zu zerstören und damit die Vereinigten Staaten zu beschuldigen. Jetzt verbessert die Vereinigten Staaten die Mission von The Boss, indem sie ihre Role weiter spielt und wartet bis sie von Naked Snake getötet wird. Damit die Vereingiten Staaten nicht beschuldigt werden können. Sie war eine Heldin für ihr Land, wird jedoch nur als Betrügerin in Erinnerung bleiben.

Die Vereinigten Staaten verleihen Naked Snake den neuen Titel: Big Boss.

Ocelot redet mit dem Chef der KGB über Telefon und diskuttiert die Role von Nikita Khrushchev. Khrushchev wird schliesslich später von seinem Dienst suspendiert.

Solid Snake und Otacon werden mitgeteilt, dass ein neuer Metal Gear, unter dem Namen Metal Gear RAY, mithilfe von einem Tankschiff durch die Vereinigten Staaten transportiert wird. Die Informationen wurden ihnen von Emma Emmerich, die Stiefschwester von Otacon, mitgeteilt.

Solid Snakes Mission ist es das Tankschiff zu infiltrieren und Fotos vom neuen Metal Gear zu machen, um der Welt seine Existenz zu beweisen.

Nachdem Solid Snake den Tanker infiltriert hatt, wird dass Schiff von einer russischen Militäreinheit übernommen. Es handelt sich dabei um die Söldnergruppe die seit 1991 von Sergei Gurlukovich angeführt wird.

Solid Snake trifft auf Sergie Gurlukovichs Tochter, Olga Gurlukovich, und kämpft mit ihr. Sie entschloss auf dem Tankschiff zu bleiben obwohl sie schwanger war.

Nach dem Sieg über Olga, erscheint eine US Drohne am Himmel und fotografiert Solid Snake, welcher sich jetzt in der Position befindet von den Vereinigten Staaten inkriminiert zu werden.

Solid Snake infiltriert das Tankschiff und macht Bilder vom Metal Gear, während der US Marine Kommandant, Scott Dolph, eine Rede an seine Soldaten hält.

Zum Erstaunen aller, erscheint nach der Ansprache Revolver Ocelot, der seinen Plan enthüllt Metal Gear RAY mitzunehmen.

Sergei Gurlukovich taucht ebenfalls auf und nimmt Scott Dolph als Geisel.

Sergei Gurlukovich erklärt seinen Plan, Metal Gear RAY an Russland zu verkaufen, mit dem Ziel ihr zu ursprünglichem Ruhm zu verhelfen.

Wiedereinmal, gibt Ocelot überrraschend bekannt dass dies nicht sein Plan sei. Sergei Gurlukovich nimmt an, dass Ocelot noch immer mit Solidus Snake arbeitet und Ocelot gibt bekannt, dass er mit den Patriots arbeitet.

Sergei Gurlukovich ist böse auf Ocelots Verrat und probiert Ocelot zu erschiessen, wird jedoch als Erstes von Ocelot, der schneller seine Waffe zieht. Ocelot tötet damit Gurlukovich, seine Soldaten sowie Scott Dolph. Dannach löst er die Sprengsätze auf dem Tankschiff aus und flüchtet an Bord des Metal Gear RAY.

Solid Snake wird angeklagt, Metal Gear RAY gestohlen zu haben, wodurch er gezwungen wird sich zu verstecken.

Manipuliert von den Patriots, verbretiten die Medien das Gerücht, dass Solid Snake sich von den Terroristen überfallen lies und damit den Öltanker aufgeben musste. Wegen der Gefahr einer Umweltkatastrophe schickte die Navy Marines los um die Gefahr auszuschalten. Die Medien berichteten dannach, dass Snake den Tanker versenkte und damit deren Besatzung sowie sich selbst tötete. Diese Aufräumungsaktion gab den Patriots damit die gewünschte Deckung für die Big SHell aufzubauen.

Olga Gurlukovich übernimmt eine leitende Rolle in der Armee ihres Vaters. She gebärt ihre Tochter Sunny, welche als Geisel von den Patriots genommen wird, als Druckmittel um Olga weiterhin für sich arbeiten zu lassen.

Es wird bekannt, dass eine Gruppe von Terroristen, die sogenannten Sons of Liberty, Geiseln innerhalb der Big Shell gefangennahm. Der Anführer der Gruppe ist Solid Snake. Unter den Geiseln befindet sich der 44te US Präsident, James Johnson. Sons of Liberty betrohen ihn die Big Shell zu zerstören und eine riesige Umweltkatastrophe auszulösen, wenn er ihnen keine 30 Milliarden Dollar zahlt.

FOXHOUND sendet Agent Raiden zum Big Shell um die Geiseln zu retten. Hierbei wird ihm von einem Mann geholfen, der behauptet Iroquois Pliskin zu sein.

Nach einer Begegnung mit dem Anführer der Sons of Liberty wird aufgeklärt, dass er Solidus Snake ist und sich als Solid Snake ausgab, um ihm etwas in die Schuhe zu schieben. Pliskin enthüllt seine wahre Identität als Solid Snake.

Während der Mission findet Raiden heraus, dass Big Shell nichts anderes ist als ein gigantischer Metal Gear, genannt Arsenal Gear. Arsenal Gear enthält zusätzlich die KI der Patriots.

Zusammen mit der hilfe von Otacon und seiner Stiefschwester Emma Emmerich, schaffen es Raiden und Snake einen Virus, innerhalb der KI der Patriots, zu installieren.

Emma Emmerich wird von Vamp, einem der Mitglieder der Sons of Liberty, getötet.

Ocelot kommt zurück und deckt auf, dass es sich während Raidens Mission es sich nur um eine Simulation handelte, die von der KI der Patriots instrumentalisiert wurde.

Die KI der Patriots kontakiert Raiden und fordert ihn auf Solidus Snake zu töten. Andernfalls töten sie Raidens geliebte, Rosemary.

Raiden gelangt schliesslich zu dem Kern der Arsenal Gear, wo er gegen eine Serie von Metal Gear RAYs kämpfen muss. Nachdem er alle Metal Gears zerstörte begegnet er Solidus Snake, der ihm weisst macht, dass er sein Pflegevater sei.

Raiden befolgt die Befehle der KI und tötet Solidus Snake. Aufgebracht darüber manipuliert worden zu sein, schwört er die Patriots zu finden und zu töten.

Ocelot wird nun komplett von Liquid Snake kontrolliert und wird nun Liquid Ocelot genannt. Solid Snake, welcher rapide altert, wird nun Old Snake genannt.

Die Welt ist jetzt komplett unter der Kontrolle von den privaten Militärbetrieben (PMC), die von Nanomaschinen verbesserte Soldaten zusammengestellt sind. Die grösste PMC ist unter Kontrolle von Liquid Ocelot.

Die UN wünscht sich Liquid Ocelot tod und glücklicherweise wegen den überzeugenden Argumente von Roy Campbell, wird Snake mithilfe von Otacon auf eine neue Mission geschickt. Mit dabei sind ausserdem Sunny und Olga Gurlukovichs Tochter.

Snakes erster Versuch Liquid Ocelot zu töten schlägt fehl. Er findet heraus das Dr. Naomi Hunter von Liquid Ocelot als Geisel festgehalten wird.

Snake befreit Naomi Hunter, welche ihm erklärte dass der FOXDIE Virus in seinem Körper mutiert. Sie erklärt ausserdem, dass Liquids Ocelots Ziel es ist Big Boss Leiche zu bergen und seine biologischen Werte auszumessen , um sich damit Zugang zu der Master KI der Patriots zu verschaffen.

Snake kämpft gegen eine Welle von Mechs, wobei ihm ein Cyborg Ninja hilft, der sich als Raiden herausstellt.

Liquid Ocelot kommt an die Leiche von Big Boss und schaltet somit alle PMCs aus, bis auf seine eigene. Sein Plan ist es nun die Patriots zu zerstören. Dafür muss er an die einzige nicht von den Patriots kontrollierte atomare Waffe gelangen, nämlich den Metal Gear REX auf Shadow Moses.

Snake infiltriert Shadow Moses und es gelingt ihm Kontrolle über Metal Gear REX zu erlangen, bevor es Liquid OCelot tat, der jedoch die Kontrolle über Metal Gear RAY übernahm. Sie starteten einen Kampf zwischen Mechs, der damit endete, dass beide schwere Veletzungen erlitten.

Liquid Ocelot springt an Bord von Outer Haven. Kurz darauf folgt Snake ihm, zusammen mit Raiden und der Rat Patrol Unit an Bord.

Nachdem Snake das mikrowellen Verteidigungssystem von Outer Heaven durchbrach, gelingt es ihm die Railgun zu stoppen indem er FOXALIVE, ein Virus von Naomi HUnter und Sunny hergestellt , benutzte. Das Virus zerstörte das Patroit System, welches damit schlussfolgert, dass alle nanomschinen sowie KIs der Patriots zerstört werden. Die Welt ist jetzt frei von den Patriots.

Liquid Ocelot enthüllt das FOXALIVE, sein Weg den Traum von Big Boss zu erfüllen, von Anfang an sein Plan war. Liquid Ocelot und Snake treffen in einem finalen Duell aufeinander, bei dem Liquid Ocelot stirbt.

Snake besucht das Grab von Big Boss. Mit nur noch einem Jahr zu leben, dem FOXDIE mutieren und drohen, jeden in seinem Umfeld zu töten, beschließt er Selbstmord zu begehen.

Bevor er den Abzug drücken kann nähert ihm sich ein Mann, der einen anderen Mann im Rohlstuhl schiebt. Dieser Mann ist Big Boss, der den nun gelähmten Major Zero vor sich her schiebt.

Big Boss erklärt, dass der gefrorene Körper welcher von Liquid Snake benutzt wurde, der von Solidus Snake war und es nur funktionierte, weil er sein perfekter Klon war.

Big Boss erklärt, dass Major Zero zuließ das die KI die Kontrolle über die Patriots übernimmt. Dies führte dazu, das die Welt auf die Kriegswirtschaft angewiesen war.

Big Boss ist sich bewusst das seine Vision der Welt sehr stark von der von The Boss abgewichen ist und dreht schließlich die Sauerstoffzufuhr, die Major Zero am leben hält, zu.

Snake und Big Boss versöhnen sich, wonach Big Boss in Snakes Armen stirbt.