美國派出名為「頭目」的最強特工前往蘇聯尋找「賢者們的遺產」的下落。

FOX派遣秘密特工「裸蛇」前往蘇聯執行「貞潔行動」—尋找 尼基塔·赫魯曉夫博士並摧毀「Shagohod」。行動中「裸蛇」得到其他FOX成員的無線電支援，當中包括傑洛少校、Mr. Sigint及Para-Medic。

正於即將完成任務之時，「裸蛇」遇到其恩師「頭目」，並以為恩師背叛美國轉投了蘇聯。

蘇聯本以「俄羅斯特種部隊」作為其主要軍事力量，但部隊中有一群成員叛變並在 沃爾金上校（Colonel Volgin）帶領下對抗蘇聯總理 尼基塔·赫魯曉夫。

沃爾金上校 以「頭目」送來的無後座力核彈發射裝置發射了一枚美國製核彈以致事態變得嚴重。蘇聯望以此巧妙的一步使外界認為美國攻擊了蘇方。

蘇方總統 赫魯曉夫要求美國澄清美方並沒有涉及「頭目」與 沃爾金上校的核子攻擊。美方因此決定派遣「裸蛇」回到蘇聯以達成 赫魯曉夫的要求—剷除 沃爾金上校以及 自身的恩師「頭目」。該行動被命名為「食蛇者行動」(Operation Snake Eater)，傑洛上校改名為「零」。

蘇聯秘密警察(KGB)為FOX組織聯絡上兩個已經轉投蘇方的前美國國家安全局(CIA）特工 —亞當(Adam)及夏娃(Eva)。亞當幫助「裸蛇」獲取情報以及脫出工作。

在預定的集合點處，只有Eva出現但卻不見Adam踪影。「裸蛇」及Eva隨即被山貓(Ocelot)派來的部隊偷襲，Eva本被抓獲做人質，但山貓最終被成功擊退並放走了她。

「裸蛇」及Eva 發現原來 沃爾金上校藏有「賢者們的遺產」。

在尋找「Shagohod」的過程中，「裸蛇」擊退了所有與他為敵的「眼鏡蛇部隊」但卻最終不敵於「頭目」：一個充斥著痛楚、憤怒、終結、恐懼及悲傷的人。在「頭目」、山貓以及沃爾金上校的拷問中，「裸蛇」被射盲了一隻眼睛。

「裸蛇」最終成功破壞「Shagohod」並殺死了沃爾金上校。

「裸蛇」一直被Eva蒙在鼓裡，她其實是中國政府派來的間諜（目標同樣是「賢者們的遺產」）。Eva最終成功得到微型底片但卻被驗證為偽造品。真正的底片在山貓手中 — 一個為賢者賣命的三重間諜。而山貓其實是Adam的事實，終沒人能察覺。

山貓把遺產底片交予美國，但只有一半的「遺產」資料被成功復原。美方估計剩下的一半底片應該還在蘇聯秘密警察的手中。

「裸蛇」發現原來「頭目」由始至終都沒曾背叛美國，一切都是跟從指示。政府命令她獲取沃爾金上校的信任並給予他核彈頭，但這些行為最終目的仍然是得到「遺產」。令美方意想不到的是，沃爾金上校竟然使用核彈頭攻擊蘇聯研究設施並歸罪於美方。美方因此對「頭目」的任務稍作修改 — 繼續裝作背叛美國並等待「裸蛇」殺死自己以拯救美國被怪罪的危機。她是美國的英雄，一個永遠被叛徒之名沾污的英雄。

「裸蛇」成功完成任務並受到美國政府嘉獎獲得「大頭目」(Big Boss)稱號。

山貓與蘇聯秘密警察的最高局長商討有關 尼基塔·赫魯曉夫的職位，並達成共識去除 尼基塔·赫魯曉夫於局內職位。

固蛇及宅代得悉一台稱為RAY的合金裝備正透過運油船運送到美國。這項消息被宅代的繼妹Emma Emmerich所確認。

固蛇的任務是入侵運油船並透過照片把新合金裝備的證明公諸於世。

當固蛇登上運油船船後，其已被一個蘇聯武裝組織所控制。他們是由Sergei Gurlugkovich於1991開始帶領的僱傭兵組織。

固蛇遭遇Sergei Gurlugkovich雖然懷孕但卻堅持留在船上的女兒，並且展開了激烈的戰鬥。

在打敗Olga後，一個美國的無人機拍攝下固蛇的照片，使固蛇陷入被美國牽連的處境。

固蛇成功在司令官向俄士兵演講時為合金裝備拍下照片。

演講過後，左輪山貓突然出現並聲稱要奪取合金裝備RAY。

Sergei Gurlugkovich出現並劫持司令官Scott Dolph為人質。

Sergei Gurlugkovich解釋自己希望將合金裝備RAY賣予俄羅斯以恢復蘇聯昔日光輝。

山貓卻說Sergei Gurlugkovich的計劃與自己大相徑庭，Sergei Gurlugkovich以為他是為相蛇工作但其實山貓的真正上司為「愛國者」。

Sergei Gurlugkovich對於山貓的背叛極之憤怒因此嘗試射殺他，卻慘被山貓的極速拔槍反殺，Scott Dolph及一眾俄士兵同樣受牽連。他迅速搭上合金裝備RAX並引爆船上的炸彈。

固蛇因被誤控偷取合金裝備RAY所以展開了逃亡。

被「愛國者」操縱的媒體開始大肆捏造固蛇帶領恐怖分子搶奪油船、殺死船上所有人並炸沉船的消息。憂慮漏油造成污染，海軍陸戰隊出動解除危機。海軍陸戰隊的清潔行動為「愛國者」建造Big Shell 提供了絕佳的掩護。

Olga Gurlugkovich掌管其父親的軍隊。她的女兒Sunny被「愛國者」劫持為人質以強迫Olga繼續服務「愛國者」。

消息傳出一個名為「自由之子」的恐怖組織正劫持一群人質於Big Shell中，人質中包括美國第44任總統 — James Johnson，而且該組織首領被指是固蛇。「自由之子」要求三千萬美元的金錢，以換取Big Shell的安全及不發動一場令人難以置信的生態災難。

獵狐派遣特工「雷電」前往Big Shell拯救人質，任務中得到Iroquois Pliskin的協助。

「雷電」任務中雖然發現「自由之子」的首領實為相蛇，但依然訛稱是固蛇所帶領。Pliskin自稱是固蛇。

「雷電」得悉原來Big Shell只是一台巨大的合金裝備 — Arsenal Gear，該合金裝備更搭載著「愛國者」的人工智能。

「雷電」與固蛇得到宅代及其繼妹Emma Emmerich幫助，於「愛國者」的人工智能中植入病毒。

Emma Emmerich被「自由之子」的一員Vamp殺死。

山貓揭發「雷電」整個任務只是「愛國者」的人工智能所精心策劃的，目標是為重演Shadow Moses事件並製作如固蛇般的傳奇士兵。

「愛國者」的人工智能聯絡並要求「雷電」殺死相蛇，否則就會殺死他的愛人Rosemary。

「雷電」成功侵入Arsenal Gear的核心並破壞一系列的合金裝備RAY。戰鬥後遭遇相蛇，相蛇告訴他自己就是「雷電」養父。

「雷電」逼不得已殺死相蛇，後發誓殺死「愛國者」以報復自身曾被操縱。

山貓現在已被液蛇的意志完全支配，並稱為液態山貓。固蛇因為極速老化，現稱為老蛇（Old Snake）。

世界現在被數間由納米戰士組成的私人軍事公司控制，其中一間最大的公司是由液態山貓所控制。

聯合國希望刺殺液態山貓。得到Roy Campbell具說服力的言辭，老蛇在宅代、Sunny以及Olga Gurlugkovich的女兒幫助下進行任務。

老蛇對液態山貓的第一次刺殺失敗，但意外發現Dr. Naomi Hunter被俘虜了。

老蛇拯救了Naomi Hunter博士，並得知她身體內的FOXDIE病毒正在變異。Naomi Hunter博士同時揭露液態山貓的計劃詳情：得到「大頭目」的身軀並使用他的基因信息接達「愛國者」的人工智能，這樣他就可以控制世上所有納米機器人和私人軍事組織。

老蛇與一系列的納米機甲戰鬥，同時得到真身為「雷電」的機械忍者的幫忙。

液態山貓得到「大頭目」身軀後關閉除了自己以外的所有私人軍事公司。為成就自身破壞「愛國者」的願望，他需要接達唯一未受「愛國者」控制的核武 — 於Shadow Moses的合金裝備REX。

老蛇入侵Shadow Moses並捷足先登，在液態山貓行動前控制合金裝備REX，液態山貓最後仍將控制權搶了回來。接著展開了一場機甲戰鬥，以雙方嚴重受傷落幕。

液態山貓跳上了「世外桃源」，老蛇、雷電及Rat Patrol unity緊追其後。

老蛇在越過「世外桃源」的微波防禦系統後，使用Naomi Hunter及Sunny製作的FOXALIVE病毒制止了雷射砲的發射。病毒破壞了「愛國者」的系統，導致全部的納米機器破壞，世界得以從「愛國者」魔掌中解放。

液態山貓告訴FOXALIVE其實是他的計劃，目標是實現「大頭目」的夢想。液態山貓在於老蛇最終戰鬥後戰死。

老蛇到訪「大頭目」的墳場，由於自身只剩一年生命而且FOXDIE病毒變異並將會殺死他身邊所有人，老蛇決定以手槍告別人間。

正於扣動手槍扳機前，督見一個老人推着一個輪椅上的男人走近。該老人就是「大頭目」，推着的就是癱瘓的「零」。

「大頭目」解釋那個被液態山貓所冰凍的其實是相蛇的身體，因為他是完美複製人所以沒人能察覺。

他繼續解釋道「零」以人工智能控制了「愛國者」，使世界依賴着戰爭經濟。

「大頭目」認為此做法有違「頭目」的死前觀點，於是決定關閉原用以維持「零」生存的氧氣使「零」癱瘓。

老蛇和「大頭目」和解。「大頭目」告訴他捨棄蛇之名並好好活下去，最終安詳過世於老蛇的胸懷中。